במסגרת התואר הראשון  במדעי הסביבה מתקיים מסלול אקולוגיה.

הגידול המהיר באוכלוסיית בני האדם ברחבי כדור הארץ יוצרת לחץ הולך וגובר על בתי הגידול הטבעיים שהולכים ומצטמצמים. תהליכים אלו מביאים לפגיעה קשה בתהליכים טבעיים אשר רבים מהם חיוניים לקיומנו. המחקר האקולוגי עוסק באופן בו מינים מושפעים מסביבתם וממינים אחרים. תחום האקולוגיה הוא נדבך חשוב במדעי הסביבה מאחר ורבים מהמינים על פני כדור הארץ מושפעים מפעילות האדם, ולרוב השפעה זאת איננה חיובית. עם התעצמות קצב הכחדת המינים ואובדן השטחים הטבעיים, מתחדד הצורך בהבנה מעמיקה של תהליכי הגומלין בטבע והאופן שפעילות האדם משפיעה על תהליכים אלו.

המסלול מיועד לסטודנטים וסטודנטיות אשר מתעניינים בצד הביולוגי של הסביבה. המסלול כולל קורסים מתקדמים באקולוגיה כגון: מודלים כמותיים של אוכלוסיות וחברות, סדנא באקולוגיה יישומית וממשק שמורות טבע ונוף. בוגרי המסלול יוכלו להשתלב בעבודה ובמחקר בתחומי האקולוגיה השונים, בחברות ובגופים הקשורים לשמירת הסביבה (כגון רשות הטבע והגנים וקק"ל), בחברות יעוץ ובארגונים העורכים תסקירי סביבה.  

כמו כן יוכלו הבוגרים להשתלב בלימודי המשך לתארים מתקדמים בתחומי האקולוגיה באוניברסיטאות המחקר.

* בוגרי המסלול יקבלו אישור התמחות בנוסף לתעודת הבוגר.